2006年9月20日至9月22日，受民航总局委托，民航西南地区管理局对拉萨贡嘎机场进行航空保安审计。

在为期3天的审计中，审计组依据《中华人民共和国民用航空安全保卫条例》、《国家民用航空安全保卫规划》和《拉萨机场航空安全保卫方案》，采取文件标准审查、人员访谈、现场观察作业流程、测试等方式对机场航空保安组织机构、控制区管理、生产流程、旅客人身和行李、货物安全检查、非法干扰行为处置、应急救援、安全保卫设备、人员培训等多方面进行了审计。

9月22日下午，审计小组在机场举行了审计结果通报会，没有发现重大航空保安缺陷。同时，审计组还通报了审计中发现的问题和隐患。

拉萨贡嘎机场航空保卫委员会副主席、民航西藏区局副局长次旺表示，区局一定严格按照审计组提出的问题和隐患，再次组织人力、物力和财力认真整改，以迎接审计组2年后对拉萨贡嘎机场的后续审计。