3月11日，日本发生里氏9级地震，12日仍然有余震。南航应急领导小组高度关注日本地震的形势，做到一事一报，事事有处理，确保旅客安全、飞行安全、驻外人员安全。并要求运行指挥中心密切跟踪日本地震情况和机场运行情况，并根据需要对航班进行及时调整，通过新闻媒体发布变更信息，并提供南航五星钻石服务热线“95539”，供广大旅客咨询。南航股份公司在日本地区共设4个办事处，分别为东京、大阪、福冈和札幌，共有雇员106人，其中中方员工23人。据了解，南航办事处人员平安，目前都处于正常工作状态，办事处无人员伤亡及财产损失的报告。考虑到目前处于特殊时期，南航要求驻外办事处注重人身安全，有事及时向南航总部报告。
    11日南航由广州飞往东京的CZ385航班，因地震造成东京机场关闭，航班备降到日本大阪，并于当日直接从大阪返回广州。南航充分满足旅客意愿，223名乘客中有48名旅客随机返回，其中有33人和10人为团体，5人为散客，175人在大阪下机。
    12日，为将11日滞留东京成田机场的旅客178名运回广州，南航决定12日389/390（广州-大阪-广州）的航班，回程加降东京，预计17:30落地，18:30从东京起飞。
    目前南航在东京、大阪、名古屋等地的航班运行正常。13日，南航有11班从国内飞往日本东京、大阪、名古屋、札幌、新泻等5个机场，其中有3班从长春、广州、大连往返东京。