2007年10月10日，民航总局杨国庆副局长在首都机场转场运行协调会上宣布：首都机场运行协调指挥部正式成立。他要求首都机场转场工作要践行“五种”奥运精神，做到统一指挥、责任到位、加强配合、团结协作，确保首都机场三号航站楼于2008年2月29日进行试运行。指挥部的成立，标志着首都机场转场工作进入实战阶段。
    为了保证首都机场扩建完成后顺利运行并建立有效的运行协调工作机制，根据民航总局的部署，2006年7月12日成立了首都机场运行协调领导小组，主要职责是负责审定各专业工作组计划和方案，负责与民航总局、各驻场单位就重大问题进行协调。领导小组下设首都机场三号航站楼运行流程、地面运行、国航T3A运行、空管、海航1号航站楼运行、南航及东航2号航站楼运行等6个专业工作组。在一年多的时间里，6个专业工作组在调查研究的基础上，结合总体规划，分别开展了三号航站楼流程、东扩区域地面运行、机位资源分配、国航T3A运行、海航1号航站楼运行、南航及东航2号航站楼运行及三跑道空管运行等工作，制定了具体的运行方案，为下一步首都机场的正式转场奠定了基础。
    协调会上，首都机场扩建指挥部、首都机场集团、国航、华北空管局、南航、东航、海航等单位针对首都机场转场工作的进展情况做了汇报。会议研究了T3航站楼国航国际航班国内段旅客流程问题；国际进港流程中涉及的检验检疫问题；国际转国际流程中涉及的边检问题；航班信息接口的问题；数字800兆建设问题；二号航站楼分区管理和地面服务及楼间中转等问题；奥运专用候机楼等相关问题。
    民航华北地区管理局局长、首都机场转场运行协调指挥部指挥长黄登科表示：要坚决贯彻民航总局对首都机场转场运行的有关决定，加强组织协调，落实各自职责，采取有效措施，保证首都机场转场工作按时完成。