这一时期，民航落实党中央部署，多次完成重大航空运输保障任务。在接运烈士骨灰，北京奥运会、残奥会，汶川、玉树抗震救灾，利比亚撤侨等重大、紧急运输保障任务中，以快捷、安全、高效的优势，发挥了不可替代的作用，彰显了应有的责任担当。

　　1999年5月8日凌晨，以美国为首的北约轰炸我国驻南斯拉夫大使馆，造成馆舍损毁和人员伤亡。5月9日，中国国际航空公司派出刘晋平机组执行CA9999/8航班，作为专机送中国政府专门小组赴南斯拉夫，于5月12日将在轰炸中遇难的烈士骨灰和伤员运送回国。专机机组受到中共中央总书记江泽民赞扬。

　　2008年奥运会、残奥会期间，民航系统出色完成了涉奥航空运输保障任务。投入保障人员22万人，执行涉奥飞行9278架次，运送涉奥人员抵离13.16万人。北京等涉奥地区机场总起降量达84886架次。这是当时中国民航历史上规模最大、时间最长、情况最复杂的重大运输保障任务，受到中央领导充分肯定。

　　9月29日，北京奥运会、残奥会总结表彰大会在人民大会堂举行，民航13家单位和16名个人获先进集体和先进个人称号。

“奥运圣火号”专机飞行保障宣誓仪式

　　2008年5月12日，四川汶川特大地震发生后，在铁路、公路交通几近瘫痪的情况下，中国民航紧急调集飞机，全力做好抗震救灾航空运输保障工作。抗震救灾期间，民航局共组织抗震救灾飞行1600余班，运送部队、武警、公安消防官兵及抢险、医疗人员51098人次，运送救灾物资15447吨。为向外转运伤员改装飞机9架，飞行99班次，向20个城市运送伤员3495人。34架直升机共执行任务1006架次，向灾区运送各类救灾人员789人，从灾区疏运伤员、受灾群众及其他人员2395人，运送各类物资790吨。成都双流国际机场共保障飞机起降18320架次。

　　10月8日，中共中央、国务院、中央军委在北京人民大会堂隆重举行全国抗震救灾总结表彰大会。民航6个单位被授予“全国抗震救灾英雄集体”荣誉称号，5名个人被授予“全国抗震救灾模范”荣誉称号。还有一批先进单位和个人受到中组部、民航局、国资委和各省、区、市的表彰。

民航飞机执行转运伤员任务

　　2010年4月14日，青海玉树发生7.1级强烈地震，民航局立即启动应急响应，在西宁成立抗震救灾指挥部，全力保障救灾飞行。抗震救灾期间，民航共执行救灾专包机飞行任务606架次，运送救灾人员1.3万人次、救灾物资1300余吨、伤员4000多人。

　　8月19日上午，中共中央、国务院、中央军委在西宁隆重举行青海玉树全国抗震救灾总结表彰大会。民航6个单位被授予“全国抗震救灾英雄集体”荣誉称号，6名个人被授予“全国抗震救灾模范”荣誉称号。

民航飞机在玉树机场执行抗震救灾飞行任务

　　2011年3月5日，中国民航圆满完成接运我撤离利比亚同胞回国的紧急航空运输任务。在短短11天的时间里，中国民航共执行91班包机182架次，派出机组和工作人员2200余人次，飞赴利比亚、希腊、突尼斯、马耳他、埃及、阿联酋6个国家，接回我同胞26240人，占我国从利比亚撤离公民总数的73.2%。这是新中国成立以来最大规模的有组织撤离海外中国公民的行动，也是我国第一次大规模调集民航飞机撤离中国公民。

　　国航、东航、南航、海航4家航空公司连夜抽调运力、选派机组、拟定飞行计划，涉及调整正常航班1800多个，克服了准备时间短、复杂程度高、飞行量大、航线生疏、春运繁忙等困难，各相关保障单位通力配合，全行业团结协作，高效圆满完成了此次紧急重大运输任务。

刚刚从利比亚辗转登上撤侨包机的旅客欢呼“祖国万岁”