1987年起，民航开始以政企分开、简政放权、机场与航空公司分设为主要内容的第二轮重大管理体制改革。

　　1984年8月28日至9月5日，民航局党委常委扩大会议在北京召开，重点讨论民航体制改革和加强空防工作。会后，民航局向国务院报送民航系统改革方案。1985年1月7日，国务院批转民航局《关于民航系统管理体制改革的报告》。民航体制改革的原则是政企分开、简政放权。民航局作为主管民航事务的部门，行使行政管理职能，不再直接经营航空运输。据《李鹏经济日记》记载，1986年7月8日、7月12日、7月16日、8月17日，国务院副总理李鹏先后4次召集会议研究民航体制改革问题，听取民航局汇报，并于11月13日主持召开民航工作办公会议，研究同意民航系统体制改革方案和实施步骤。

　　1987年1月30日，国务院批准民航局《关于民航系统管理体制改革方案和实施步骤的报告》。当年10月15日，原民航成都管理局分立为民航西南管理局、中国西南航空公司和成都双流机场，拉开了民航第二轮管理体制改革的序幕。1992年12月20日，民航广州管理局召开体制改革实施大会，标志着第二轮重大管理体制改革全面完成。

　　1987年至1992年间，中国民航分别成立了6个地区管理局、6家骨干航空公司、6大机场。各类企事业单位从民航局独立出来。民航系统基本打破了原政企不分、用行政和军事办法实行高度集中统一管理的单一部门体制，形成了政企初步分开，地区管理局与航空公司、机场分立的管理体制新格局。

1987年10月15日,原民航成都管理局分立为民航西南管理局、中国西南航空公司和成都双流机场

1992年12月20日，民航广州管理局召开体制改革实施大会