1966年5月文化大革命开始后，6月2日，空军批复同意成立“民航文化革命小组”，民航系统的“文革”自此展开。

　　1967年1月，当周恩来总理获知首都机场安全和正常运行受到“造反派”的严重干扰后，提出应立即以国务院、中央军委的名义起草命令，宣布由军队接管民航（包括整个民航系统和所有机场、港站）。接管后，业务工作仍由原领导班子来搞。1月26日，国务院、中央军委即发出《关于民用航空系统由军队接管的命令》，规定了3方面内容：一是对民航总局各大区管理局、省区局、航空站、指挥勤务保障体系、机场和飞行学校，一律由军队接管，接管工作由空军组织实施；二是在军队接管后，民航系统的“文化大革命”遵照中共中央关于无产阶级“文化大革命”的决定，按军队系统的安排和做法进行；三是民航系统各单位的革命组织，对民航系统以外的革命组织，一律不进行串联。《命令》还规定民航地区管理局以下单位，只进行正面教育，不得搞“四大”。1月28日，空军派出的军管组进驻民航总局，协助监督“三条命令”的执行，当年4月军管组撤回。

文革期间，民航保持了主要航线运营，图为民航飞行人员在起飞前学习毛主席语录

　　1969年10月31日，民航总局党委向中共中央、国务院报送《关于进一步改革民航体制和制度的报告》。11月20日，国务院、中央军委批转了这个报告，决定：民航划归中国人民解放军建制，成为空军的组成部分，各项制度按军队的执行；民航总局对外名称不变，仍为国务院直属局；民航各级机构的设置，按照空军机关、部队的组织形式进行相应的改革；民航实行义务工役制；民航基建投资、生产资金、行政事业费和其他经费，由民航每年编制预算和计划，按军队系统上报，由国家统一拨到军队；民航的企业收入亦由军队系统统一上报。

1967年1月26日,国务院、中央军委发出《关于民用航空系统由军队接管的命令》

1969年10月31日，民航总局党委呈报的《关于进一步改革民航体制和制度的请示报告》