1962年4月13日，第二届全国人大常委会第53次会议决定，将交通部民用航空总局改为中国民用航空总局。4月15日，中共中央、国务院印发《关于改变民航管理体制的通知》，指出由于民用航空具有管理飞行工作的特点，必须实行高度集中统一的管理。其业务工作与空军业务有密切关系，决定将民航总局由交通部部属局改为国务院直属局，全称为中华人民共和国民用航空总局。其业务工作、党政工作、干部人事工作等均直接归空军负责；有关民航工作的重大问题，由空军报请军委解决；或由空军报请军委转报中央或国务院解决。民航的建设计划、国家投资、生产任务等，应先由空军审定，再向国家计委、经委等主管部门提出，纳入国家计划下达；与民航有关的外事工作，亦先经空军审查后再报请外交部处理；民航系统党的组织，由民航总局党委与地方党委实行双重领导，以民航总局党委和政治部门领导为主。

1960年11月28日，交通部印发组织机构调整情况的通知