5月20日民航局《關於開展災後衛生防疫工作的通知》下發後，管理局高度重視，立即向轄區各民航單位下發了《關於加強災後衛生防疫工作的通知》，提出了在保障抗震救災運輸任務的同時，做好航空器和機場候機樓病媒生物消毒和衛生防疫工作的要求。5月22日，管理局組織相關人員對上海地區有關航空公司轉運傷員的衛生防疫、航空運輸醫療保障等方面的工作進行了全面檢查，並提出了具體意見和建議。同時各監管辦也加強了對轄區內各單位防疫工作的督查，確保民航各項運輸工作有序、有效地進行。

    此外，為確保航空運輸衛生安全，各相關單位根據民航局和當地政府有關要求相繼成立了衛生防疫工作領導小組和衛生防疫工作小組，明確了相關工作職責，制定了“抗震救災衛生防疫工作方案”和“抗震救災衛生防疫實施方案”；建立了資訊報告制度，實行專人負責，要求各部門隔天報告，一旦發現傳染病病人或疑似病人按要求及時、逐級上報；部分航空公司配發了防護、消毒用品，其中，山東航空公司對每架執行災區航班的航空器上配備了防護用品，由專人負責並做好交接工作；上航5月23日向公司成都、重慶營業部配發了部分防護、消毒用品，並在公司每架飛機上配備了個人防護用品；東航加強了對食品供應單位的嚴格要求，對救災食品的儲存、運輸全過程進行監督檢查，確保飲用水和食品的衛生品質；廈航結合夏季愛國衛生運動大力開展環境的綜合治理，集中開展飛機及公司環境衛生整治和以滅蚊蠅為主的“除四害”活動，有效降低病媒生物密度。截至5月25日，民航華東地區相關機場共消毒、滅蟲運送傷員的航空器19架次，參加人員68人次；民航上海醫院向災區捐助了308公斤、價值12958.2元的醫療防護物品。