這一時期，民航落實黨中央部署，多次完成重大航空運輸保障任務。在接運烈士骨灰，北京奧運會、殘奧會，汶川、玉樹抗震救災，利比亞撤僑等重大、緊急運輸保障任務中，以快捷、安全、高效的優勢，發揮了不可替代的作用，彰顯了應有的責任擔當。

　　1999年5月8日淩晨，以美國為首的北約轟炸我國駐南斯拉伕大使館，造成館舍損毀和人員傷亡。5月9日，中國國際航空公司派出劉晉平機組執行CA9999/8航班，作為專機送中國政府專門小組赴南斯拉伕，于5月12日將在轟炸中遇難的烈士骨灰和傷員運送回國。專機機組受到中共中央總書記江澤民讚揚。

　　2008年奧運會、殘奧會期間，民航系統出色完成了涉奧航空運輸保障任務。投入保障人員22萬人，執行涉奧飛行9278架次，運送涉奧人員抵離13.16萬人。北京等涉奧地區機場總起降量達84886架次。這是當時中國民航歷史上規模最大、時間最長、情況最複雜的重大運輸保障任務，受到中央領導充分肯定。

　　9月29日，北京奧運會、殘奧會總結表彰大會在人民大會堂舉行，民航13家單位和16名個人獲先進集體和先進個人稱號。

“奧運聖火號”專機飛行保障宣誓儀式

　　2008年5月12日，四川汶川特大地震發生後，在鐵路、公路交通幾近癱瘓的情況下，中國民航緊急調集飛機，全力做好抗震救災航空運輸保障工作。抗震救災期間，民航局共組織抗震救災飛行1600余班，運送部隊、武警、公安消防官兵及搶險、醫療人員51098人次，運送救災物資15447噸。為向外轉運傷員改裝飛機9架，飛行99班次，向20個城市運送傷員3495人。34架直升機共執行任務1006架次，向災區運送各類救災人員789人，從災區疏運傷員、受災群眾及其他人員2395人，運送各類物資790噸。成都雙流國際機場共保障飛機起降18320架次。

　　10月8日，中共中央、國務院、中央軍委在北京人民大會堂隆重舉行全國抗震救災總結表彰大會。民航6個單位被授予“全國抗震救災英雄集體”榮譽稱號，5名個人被授予“全國抗震救災模範”榮譽稱號。還有一批先進單位和個人受到中組部、民航局、國資委和各省、區、市的表彰。

民航飛機執行轉運傷員任務

　　2010年4月14日，青海玉樹發生7.1級強烈地震，民航局立即啟動應急響應，在西寧成立抗震救災指揮部，全力保障救災飛行。抗震救災期間，民航共執行救災專包機飛行任務606架次，運送救災人員1.3萬人次、救災物資1300余噸、傷員4000多人。

　　8月19日上午，中共中央、國務院、中央軍委在西寧隆重舉行青海玉樹全國抗震救災總結表彰大會。民航6個單位被授予“全國抗震救災英雄集體”榮譽稱號，6名個人被授予“全國抗震救災模範”榮譽稱號。

民航飛機在玉樹機場執行抗震救災飛行任務

　　2011年3月5日，中國民航圓滿完成接運我撤離利比亞同胞回國的緊急航空運輸任務。在短短11天的時間裏，中國民航共執行91班包機182架次，派出機組和工作人員2200余人次，飛赴利比亞、希臘、突尼西亞、馬爾他、埃及、阿聯酋6個國家，接回我同胞26240人，佔我國從利比亞撤離公民總數的73.2%。這是新中國成立以來最大規模的有組織撤離海外中國公民的行動，也是我國第一次大規模調集民航飛機撤離中國公民。

　　國航、東航、南航、海航4家航空公司連夜抽調運力、選派機組、擬定飛行計劃，涉及調整正常航班1800多個，克服了準備時間短、複雜程度高、飛行量大、航線生疏、春運繁忙等困難，各相關保障單位通力配合，全行業團結協作，高效圓滿完成了此次緊急重大運輸任務。

剛剛從利比亞輾轉登上撤僑包機的旅客歡呼“祖國萬歲”