2008年3月11日，第十一屆全國人民代表大會第一次會議批准國務院機構改革方案，為有利於構建綜合交通運輸體系，組建交通運輸部，推行大部制管理，根據《國務院關於部委管理的國家局設置的通知》，設立中國民用航空局（副部級），為交通運輸部管理的國家局。

　　2009年3月，國務院辦公廳《關於印發中國民用航空局主要職責、內設機構和人員編制的通知》，將原中國民用航空總局規範管理航空運輸業、實施航空安全和空中交通管理、組織協調重大緊急航空運輸任務等職責劃入中國民用航空局。民航局設12個職能機構，機關行政編制301名。

　　2009年，各省、區、市航空安全監管辦公室更名為民用航空安全監督管理局，自3月24日民航太津安全監督管理局揭牌成立起，年內更名完畢。

　　2008年3月，國務院印發《關於部委管理的國家局設置的通知》，民航局劃歸交通運輸部管理