2007年4月27日，民航總局印發《民航空中交通管理體制改革方案》，確定按“政事分開、運作一體化”的原則進行改革。所確定的基本目標：一是建立健全政府空管監管體制，實現政府管理職能與系統運作職能分離；二是建立垂直管理的空管系統，統一運作指揮，實現運作一體化；三是理順空管系統管理體制和運作機制，提高空管系統運作效率和保障能力。通過改革，形成“總局空管局—地區空管局—空管分局（站）”三級運作體系。當年9月5日，民航新疆空管局成立，標誌著改革基本完成。

民航總局印發《民航空中交通管理體制改革方案》