1987年起，民航開始以政企分開、簡政放權、機場與航空公司分設為主要內容的第二輪重大管理體制改革。

　　1984年8月28日至9月5日，民航局黨委常委擴大會議在北京召開，重點討論民航體制改革和加強空防工作。會後，民航局向國務院報送民航系統改革方案。1985年1月7日，國務院批轉民航局《關於民航系統管理體制改革的報告》。民航體制改革的原則是政企分開、簡政放權。民航局作為主管民航事務的部門，行使行政管理職能，不再直接經營航空運輸。據《李鵬經濟日記》記載，1986年7月8日、7月12日、7月16日、8月17日，國務院副總理李鵬先後4次召集會議研究民航體制改革問題，聽取民航局彙報，並於11月13日主持召開民航工作辦公會議，研究同意民航系統體制改革方案和實施步驟。

　　1987年1月30日，國務院批准民航局《關於民航系統管理體制改革方案和實施步驟的報告》。當年10月15日，原民航成都管理局分立為民航西南管理局、中國西南航空公司和成都雙流機場，拉開了民航第二輪管理體制改革的序幕。1992年12月20日，民航廣州管理局召開體制改革實施大會，標誌著第二輪重大管理體制改革全面完成。

　　1987年至1992年間，中國民航分別成立了6個地區管理局、6家骨幹航空公司、6大機場。各類企事業單位從民航局獨立出來。民航系統基本打破了原政企不分、用行政和軍事辦法實行高度集中統一管理的單一部門體制，形成了政企初步分開，地區管理局與航空公司、機場分立的管理體制新格局。

1987年10月15日,原民航成都管理局分立為民航西南管理局、中國西南航空公司和成都雙流機場

1992年12月20日，民航廣州管理局召開體制改革實施大會