1966年5月文化大革命開始後，6月2日，空軍批復同意成立“民航文化革命小組”，民航系統的“文革”自此展開。

　　1967年1月，當周恩來總理獲知首都機場安全和正常運作受到“造反派”的嚴重干擾後，提出應立即以國務院、中央軍委的名義起草命令，宣佈由軍隊接管民航（包括整個民航系統和所有機場、港站）。接管後，業務工作仍由原領導班子來搞。1月26日，國務院、中央軍委即發出《關於民用航空系統由軍隊接管的命令》，規定了3方面內容：一是對民航總局各大區管理局、省區局、航空站、指揮勤務保障體系、機場和飛行學校，一律由軍隊接管，接管工作由空軍組織實施；二是在軍隊接管後，民航系統的“文化大革命”遵照中共中央關於無産階級“文化大革命”的決定，按軍隊系統的安排和做法進行；三是民航系統各單位的革命組織，對民航系統以外的革命組織，一律不進行串聯。《命令》還規定民航地區管理局以下單位，只進行正面教育，不得搞“四大”。1月28日，空軍派出的軍管組進駐民航總局，協助監督“三條命令”的執行，當年4月軍管組撤回。

文革期間，民航保持了主要航線運營，圖為民航飛行人員在起飛前學習毛主席語錄

　　1969年10月31日，民航總局黨委向中共中央、國務院報送《關於進一步改革民航體制和制度的報告》。11月20日，國務院、中央軍委批轉了這個報告，決定：民航劃歸中國人民解放軍建制，成為空軍的組成部分，各項制度按軍隊的執行；民航總局對外名稱不變，仍為國務院直屬局；民航各級機構的設置，按照空軍機關、部隊的組織形式進行相應的改革；民航實行義務工役制；民航基建投資、生産資金、行政事業費和其他經費，由民航每年編制預算和計劃，按軍隊系統上報，由國家統一撥到軍隊；民航的企業收入亦由軍隊系統統一上報。

1967年1月26日,國務院、中央軍委發出《關於民用航空系統由軍隊接管的命令》

1969年10月31日，民航總局黨委呈報的《關於進一步改革民航體制和制度的請示報告》