1962年4月13日，第二屆全國人大常委會第53次會議決定，將交通部民用航空總局改為中國民用航空總局。4月15日，中共中央、國務院印發《關於改變民航管理體制的通知》，指出由於民用航空具有管理飛行工作的特點，必須實行高度集中統一的管理。其業務工作與空軍業務有密切關係，決定將民航總局由交通部部屬局改為國務院直屬局，全稱為中華人民共和國民用航空總局。其業務工作、黨政工作、幹部人事工作等均直接歸空軍負責；有關民航工作的重大問題，由空軍報請軍委解決；或由空軍報請軍委轉報中央或國務院解決。民航的建設計劃、國家投資、生産任務等，應先由空軍審定，再向國家計委、經委等主管部門提出，納入國家計劃下達；與民航有關的外事工作，亦先經空軍審查後再報請外交部處理；民航系統黨的組織，由民航總局黨委與地方黨委實行雙重領導，以民航總局黨委和政治部門領導為主。

1960年11月28日，交通部印發組織機構調整情況的通知