1987年起,民航開始以"政企分開、簡政放權、機場與航空公司分設"為主要內容的第二輪重大管理體制改革。
上一年,國務院副總理李鵬分別於7月8日、7月12日、7月16日、8月17日,先後4次召集研究民航體制改革問題,聽取民航局彙報,並於11月13日,主持召開民航工作辦公會議,研究同意民航系統體制改革方案和實施步驟。
1987年1月30日,國務院批准民航局《關於民航系統管理體制改革方案和實施步驟的報告》。1987年至1992年間,分別成立了6個地區管理局、6家骨幹航空公司、6大機場。各類企事業單位從民航局獨立出來,民航局作為主管民航事務的部門,行使行政管理職能,不再直接經營航空運輸。