汶川特大地震发生后，民航西南管理局及时启动应急预案，成立抗震救灾指挥部，航卫处5名监察员成为指挥部成员参与抗震救灾工作，主要负责灾后卫生防疫、伤员运送及协调工作。

    一、 做好救灾物资调配和发放工作
    地震灾后四川卫生防疫及伤员转运工作面临巨大的压力和困难，民航局领导高度重视，在5月18日及时派出卫生防疫小组赶赴四川灾区调查了解、指导灾后卫生防疫工作；并根据卫生防疫小组反馈的情况，民航局统一指挥，民航东北局、新疆局、华东局、中南局、西北局积极行动，动员各自辖区内民航单位，先后支援四川灾区防疫药品、疫苗、担架等物资11批次。
    西南局航卫处按照管理局抗震救灾指挥的要求，指定专人负责，建立严格的抗震救灾物资登记制度，严把发放登记签字工作程序，保证物资发放到最需要的地方，有效地保证了民航救灾一线单位抗震救灾工作的正常开展。同时还将部分物资转赠给急需的四川大学华西医院和四川省卫生厅。
    二、 做好地震伤员空运工作
    5月20日，根据党中央和国务院领导批示，成都开始分批通过飞机将伤员转往外省市治疗。为确保伤员运送工作正常有序的开展，管理局指挥部立即组织召开由空管局、机场、航空公司、四川省卫生厅主要领导参加的“空运伤员工作协调会议”，制定伤员转运医疗救助保障措施，并建立联络员制度，协调各相关单位，确保空运工作有序开展。截止5月31日，川航、国航西南公司、深航、鹰联航、东航五家航空公司参与飞行99架次，完成伤员运送3495人，无一人出现意外或死亡；另运送家属陪护3168人，医护人员941人，合计运输7604人。圆满完成上级下达的抗震救灾空运伤员任务。
    三、 做好抗震救灾期间卫生防疫工作
    地震发生后，根据民航局明传电报精神，航卫处在第一时间通知绵阳机场、飞行学院、双流机场、重庆机场及各有关航空公司，开展抗震救灾工作的同时做好卫生防疫工作，并每天及时了解民航公共场所及航空器消毒等卫生防疫工作进展情况。与当地卫生防疫机构建立联系，及时了解掌握灾区卫生防疫工作进展及疫情通报，为民航卫生防疫工作开展提供参照。同时帮助民航其他兄弟单位联系飞机客货舱使用的消毒剂，并协调快速运输工作。
    截至2008年6月2日，灾区民航系统未发现疫情，所有航空器已转入正常运输生产。