为防止灾后传染病通过航空运输途径传播和流行，民航局5月16日成立抗震救灾卫生防疫工作组，并下发电报《关于开展灾后卫生防疫工作的通知》，要求所有承担抗震救灾运输任务的航空公司和机场，在保障抗震救灾运输任务的同时，严格按照卫生部《抗震救灾卫生防疫工作方案》，把好航空运输卫生安全关。电报要求：加强航空垃圾和粪便的卫生消毒和处理；对航空器和候机楼实施卫生防疫消毒和灭虫；严格航空食品、饮用水和机场餐饮卫生要求，保障食品卫生质量；加强对航空器和候机楼旅客（伤员）的巡视，发现疑似病人，立即采取消毒、隔离和必要救治措施，并及时报告当地卫生防疫部门；开展卫生防疫宣传教育，提高员工和旅客防病意识和应对能力。
    电报发出后，各单位立即行动起来，开展了全方位的卫生防疫工作。民航各地区管理局主管部门加强了对相关工作监督检查的力度。

    5月18日，民航局派出卫生防疫小组，奔赴四川成都、广汉、绵阳、九寨黄龙和新津等主要承担抗震救灾运输任务的机场，了解情况，帮助制定卫生防疫工作方案，开展并指导消毒和灭虫工作。卫生防疫小组还送去了部分消毒、灭虫药品和器械。

    5月21日，民航局开通了24小时“民航卫生防疫咨询电话”，及时解决飞机和环境消毒、灭虫专业技术问题和个人防护等问题。

    在灾区伤员开始大量从成都转运至全国各地时，民航局5月22日再次下发电报《关于在抗震救灾期间运输伤病员和救援人员航空器卫生防疫消毒和灭虫工作的通知》，要求航空公司和相关机场，对每次执行运输任务到达目的地后的航空器，进行飞机客舱卫生防疫消毒和灭虫。在结束运输任务，投入正常航班运行前，必须对航空器进行终末消毒和灭虫，保障旅客健康。（终末消毒、灭虫是指对航空器进行彻底的消毒和灭虫，目的是消灭一切可能存活的病媒生物，使航空器无害化。）

    截至5月25日，民航各单位严格执行电报要求，共消毒灭虫转运伤员的飞机68架次、直升机72架次；消毒候机楼等场所80余万平方米；投入人力近400人次。

    民航成都双流、绵阳、广汉和九寨黄龙等机场是灾后伤员转运和救援人员运输的主要机场。各机场抢救中心承担了伤员转运和救援人员运输过程中的医疗救护和卫生防疫工作。由于灾后四川各地医疗救援物资和卫生防疫药品急剧缺乏，民航局5月22日下发电报，要求民航系统各单位紧急行动起来，对口支援灾区各机场急需的医疗救护器械、卫生防疫药品和物资。电报要求民航中南、东北和新疆管理局组织辖区内各单位，对口支援成都双流、广汉机场；上海机场集团公司对口支援绵阳机场；西北管理局对口支援九寨黄龙机场。电报还要求各航空公司协助运输援助的药品和物资。
    截至5月25日，民航系统各单位已经支援的药品、器械和物资有：医疗急救设备（车）和器械90余万元；担架360付；药品物资等66万元。