自烏魯木齊出現確診新冠肺炎新增確診病例後，轄區體檢鑒定機構暫停體檢鑒定工作，經請示民航局，由管理局按照規章要求，對即將到期的近兩百名航空人員的體檢合格證進行延期以確保證照的有效性。隨著復工復産的逐步推進，面對九月體檢合格證到期將達到千余人的壓力，管理局督促南航新疆分公司航衛中心積極準備，爭取儘快恢復體檢鑒定，確保轄區各航空單位順利運作。
9月3日，在接到南航新疆分公司航衛中心提交的恢復體檢鑒定的申請後，管理局航衛處按照民航局《民用航空人員體檢鑒定機構復工復産疫情防控技術指南（試行）》的要求，對其進行了現場檢查。
經檢查，南航新疆分公司航衛中心修訂了前期制定的疫情期間體檢鑒定工作方案和流程，為體檢醫師配備了防護服、防護面屏、護目鏡等防疫物資，實行體檢預約制度以控制每日體檢上站人數，張貼提示標語以防止人員密集，各項工作準備充分，能夠滿足恢復體檢鑒定的要求。
9月4日，南航新疆分公司航衛中心已恢復體檢。管理局航衛處將持續對疫情防控期間的體檢鑒定工作進行監督檢查，確保體檢鑒定機構杜絕麻痹思想，堅持疫情防控不鬆懈，全力做好轄區航空人員體檢鑒定工作。
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