1、起草民航飛行運作、航空器維修、航空衛生的相關法規、規章、政策、標準、程式和技術規範，並監督執行。

2、組織實施民航運營人運作合格審定和持續監督檢查工作，負責民航運營人運作合格證和運作規範的頒發、修改和吊銷等管理工作。

3、負責民用航空器的持續適航性管理。

4、負責民用航空器飛行性能的相關管理工作，負責組織制定航行新技術的運作標準及其推廣應用。

5、負責航空衛生保障、航空人員體檢鑒定、機場應急醫療救護和航空衛生防疫工作的監督管理。指導民航醫學研究工作。

6、組織實施民用航空器維修單位合格審定和持續監督檢查，負責維修單位許可證的頒發、修改和吊銷工作。

7、負責民航飛行人員、乘務員、飛行簽派員、維修人員訓練機構合格證的頒發、修改和吊銷工作。組織、指導飛行人員訓練設備的鑒定工作。

8、負責民航飛行人員、飛行簽派員、維修人員資格管理，承擔有關人員執照的考核、頒發和吊銷工作。

9、負責飛行標準委任單位代表、委任代表、飛行標準監察員、局方委任代表的相關管理工作，組織其業務培訓和考試，監督檢查其工作。

10、負責航空人員體檢合格證管理。

11、負責機場飛行程式和運作最低標準的審批。

12、負責民用航空器型號合格審定中的運作評審工作。

13、參與民用航空器的事故調查。

14、承辦局領導交辦的其他事項。 

副司長：薛世俊、孔繁偉

副巡視員：涂衛軍