此次审计是由管理局公安局和重庆监管局空防处负责组织实施，并邀请了西藏区局、云南省机场集团的航空保安专家参与，西南管理局吴小兵总飞行师和民航重庆监管局邓晓帆局长也亲临审计现场进行指导。审计组采用文件查阅、现场观察、人员访谈以及交流讨论相结合等方法，围绕航空保安组织机构与管理等以及航空保安质量控制等10个方面的125个审计项目，对机场航空保安现状与《国家民用航空安全保卫规划》以及航空保安法规、规章、标准的符合性进行了评估。
在审计结束后召开的万州五桥机场保安审计初步结果通报会上，管理局吴小兵总飞行师代表管理局做了重要讲话，他肯定了万州机场在迎审和审计期间做的卓有成效的工作，同时对万州机场提出了三点意见，一是要充分认识万州机场在重庆民航业中的重要地位；二是要充分认识航空保安审计的重要意义；三是要落实责任持续做好空防安全工作。最后审计组向机场航空安全保卫委员会成员单位通报了此次审计的结果，并提出改进航空保安工作的审计意见和建议28条。
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