2008年12月31日，首都机场3号航站楼信息系统面临自启用以来第一次跨年度运行。由于2008年闰年加闰秒的特殊性和新航站楼系统程序存在的缺陷，导致首都机场3号航站楼资源分配系统和行李系统在31日先后出现运行异常的情况。在系统运行出现异常后，首都机场股份公司立即宣布进入跨年保障工作紧急状态，并迅速成立首都机场跨年工作临时指挥领导小组，全面部署并协调机场系统跨年运行的整体工作。
    首都机场股份公司按照民航局信息安全事件通报流程，在第一时间将首都机场跨年工作的情况和问题向民航局进行了通报，促使首都机场系统跨年问题在行业内得到了广泛重视。与此同时，首都机场股份公司还通过各向系统厂商发布信息，提醒世界范围内的IT行业关注系统跨年的问题。
    31日当晚首都机场跨年运行的各项技术保障工作进行商讨与部署，首都机场股份公司两次召集相关驻场单位和专业公司，分头布置并落实具体保障工作，安排技术骨干到岗保障，仔细准备相关应急预案，并加强与各单位的联动。2008年12月31日24时至2009年1月1日1时，首都机场各相关单位通过严密检查系统运行状况，向首都机场股份公司运行监控指挥中心通报了各跨年系统、跨夜航班以及中转航班等的运行情况，并由首都机场股份公司在2009年1月1日航班计划发出后，对各相关系统进行测试，确保各系统运行正常。
    经过周密部署和连夜操作、测试，首都机场跨年工作临时指挥领导小组确认各系统跨年业务处理正常后，由首都机场股份公司运行监控指挥中心于2009年1月1日凌晨4：30向各相关单位发布了按照正常工作程序运行的指令。经过连续2天的跟踪监控，确认各系统跨年运行正常后，1月2日上午9时首都机场跨年保障工作紧急状态解除。首都机场在新年伊始成功保障了各系统跨年运行的平稳与顺畅，确保了2009年元旦期间首都机场的正常运行。