主要職責：貫徹執行國家和民航局頒布的航空衛生法規規章，並監督檢查本地區的落實情況；負責審核、頒發轄區內航空人員體檢合格證，並對體檢鑒定和體檢合格證實施監督管理；負責轄區內民用航空體檢單位委任代表及民用航空體檢人員委任代表進行資格審查，並監督檢查其工作；負責轄區內民用航空運輸機場應急救護預案、國內交通衛生檢疫條例實施預案的審查，並實施監督檢查；負責營運人民用航空衛生方面的運作合格審定與持續監督檢查；負責轄區內航空人員酒精監測管理工作；負責組織協調轄區內民航突發公共衛生事件的相關工作；負責轄區內航空事故及事故徵候的醫學調查；負責管理局機關醫療管理工作；負責管理局人口與計劃生育工作；負責管理局愛國衛生工作。