2014年1月24日，民航局正式批复同意厦航设立北京和湖南分公司，厦航随即成立分公司筹建小组，快速推进各项筹备工作。
根据北京、湖南航空市场的不同特点，厦航制定了不同运力投入规划。目前厦航已在北京投入7架过夜飞机，执飞福州、厦门等9条航线，每天20多个航班。北京分公司成立后，将陆续加密北京至福建、杭州等厦航主要基地航线，并逐步开辟北京至上海、广州、深圳、成都、昆明等重点城市航线，完善北京始发至全国各地航线网络。
厦航自1992年10月进入湖南市场，目前开通二十多条航线，在长沙市场份额位居前列。湖南分公司成立后，规划在第一年投入驻场运力3-6架飞机，五年后增至15架，逐步构建以长沙为中心，辐射湖南省内机场及国内各主要大中城市的航线网络。
目前，两家分公司的挂牌仪式和补充运行合格审定等工作仍在紧张筹备中。
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