2009年9月14日至18日，民航西南地區管理局組織以民航重慶監管局為主體的安全審計組，對西藏林芝機場進行了為期5天的安全審計。審計組分專業地對安全專員辦、航務管理部、運作保障部、安檢站、公安分局、消防隊、地面服務部、空港林芝分公司等部門進行了全面、詳細的安全審計。
林芝機場是國內率先使用RNP精密導航技術的高原機場。此次由民航重慶監管局為主體進行安全審計，也是民航西南地區範圍內首次跨轄區實施機場安全審計工作。審計組成員精心準備、紮實工作，努力克服高原反應，優質高效地完成了此次安全審計工作，共進行審計項目1654項：其中未檢查0項，不適用317項；符合1296項，不符合41項（安全建議51項）；符合率為96.93％。審計結果表明，林芝機場順利通過此次安全審計，為林芝機場的發展揭開了嶄新的一頁。
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